Včela medonosná patří do kmene členovci (Arthropoda), podkmene vzdušnicovci (Tracheata), třídy jevnočelistní (Ectognatha) [syn. hmyz (Insecta)], řádu blanokřídlí (Hymenoptera), podřádu štíhlopasí (Apokrita), nadčeledi včely (Apoidea), čeledi včelovití (Apidae) a rodu včela (Apis). Do tohoto rodu je kromě včely medonosné řazena ještě včela indická (A. cerana), včela květná [Apis (Micrapis) florea] a včela zlatá (obrovská) [Apis (Megapis) dorsata]. Včela indická  žije v Indii, Číně, Japonsku a přilehlých oblastech Sibiře. Staví si podobně jako včela medonosná hnízdo ve formě několika svislých plástů ve vykotlaných stromech nebo dutinách skal. Dělnice jsou o něco menší než dělnice včely medonosné. Dá se hospodářsky využívat. Její užitkovost je však nízká. Včela květná žije v Indii a v Indonésii. Staví si na stromech jen jeden plást velikosti lidské dlaně.  Je menší než naše včela medonosná. Hospodářsky se nevyužívá. Včela zlatá žije ve východní Asii, zejména v Indii. Je větší než včela medonosná. Dělnice dosahují velikosti až 18 mm, matka 23 mm. Staví si v korunách stromů jen jeden plást o ploše i více než 1m². Žije divoce.

Včela medonosná je v současné době díky převozům rozšířena na všech kontinentech s výjimkou Antarktidy, i když se původně vyskytovala pouze v Evropě, Asii a Africe. Vytváří celou řadu nižších taxonomických jednotek, subspécií, označovaných také jako plemena nebo také zoogeografické rasy. Plemena včely medonosné se dají rozdělit na skupinu plemen původem ze Středomoří, Blízkého východu a afrotropické oblasti.. Původním plemenem na většině našeho území byla včela medonosná tmavá (Apis mellifera mellifera). Na jihu Moravy po Moravskou bránu poté včela medonosná kraňská (Apis mellifera carnica) ekotypu karpatského. V rámci těchto dvou plemen se vyskytovaly lokální populace s určitými odlišnostmi. Zejména po 2. světové válce se na naše území začaly importovat včely jiných plemen, zejména včely medonosné vlašské (Apis mellifera ligustica) a kraňské, alpského ekotypu. Vzájemný volným křížením následně docházelo k bastardizaci a rozpadu vlastností původního plemene včely medonosné tmavé. Výsledkem bylo zvýšení bodavosti včelstev a pokles výnosů medu. Od 60. a zejména 70. let 20. století se k nám trvale importují plemenné matky kraňského plemene převážně z Rakouska a Slovinska, které se v ČR rozchovávají. V současné době téměř výhradně je na našem území chováno kraňské plemeno, zejména nepůvodního alpského ekotypu.